В игре игрок может взять под свой контроль один из трёх домов, во главе которого он и должен бороться за контроль над пряностью на планете Арракис, или Дюне. Игрок собирает пряность для получения «солярий», валюты в игре, использующейся для производства боевых единиц.

Как и в большинстве стратегий реального времени, карта игры сначала покрыта туманом войны, за исключением территорий, на которых находятся боевые единицы игрока. Поскольку единицы исследуют карту, темнота постепенно исчезает.

Как и в Dune II, игрок может строить бетонные плиты перед установкой зданий, которые защищают их от разрушения в условиях эрозии пустыни. Здания у всех Домов одинаковы — отличаются только внешним дизайном.

Хотя большинство боевых единиц у всех домов идентичны, у каждого Дома есть свой собственный набор специальных юнитов: Звуковой танк Атрейдесов, «Девиатор» Ордосов и сверхтяжёлый танк «Опустошитель» Харконненов; кроме того, имеется особое оружие, доступное при постройке Дворца: фремены у Атрейдесов, диверсанты у Ордосов, ракета «Рука Смерти» у Харконненов и элитные солдаты Сардаукары у Императора. Также различаются по внешнему виду и боевым характеристикам обычные танки: например, танки Ордосов быстро передвигаются, но имеют слабую броню; танки Харконненов медлительны, но лучше защищены. Атрейдесы могут изготовлять дополнительный уникальный юнит: орнитоптеры, эффективные против зданий. Как и во многих других играх Westwood, игрок может получить доступ к специальным единицам других домов, захватив вражеское здание и начав их производство.