Помимо графической составляющей, существенное внимание было уделено переработке баланса; часть решений была позаимствована из серии Command & Conquer. Например, для захвата зданий стали использоваться специальные пехотные подразделения — инженеры, и разрушать здания перед захватом стало необязательно. Боевые и ракетные танки, а также оборонительные сооружения в Dune 2000 гораздо менее эффективны против пехоты. Осадный танк, бывший в Dune II, по сути, усиленной версией обычного боевого танка, из-за чего последний быстро становился ненужным, был переделан в дальнобойную артиллерию, эффективную против пехоты и зданий, тогда как боевой танк стал основной ударной единицей. Строительство боевых единиц и строений также претерпело значительные изменения: если в Dune II несколько одинаковых зданий могли вести производство одновременно, то в Dune 2000, как и в других стратегиях серии Command & Conquer, активным является только одно здание из нескольких однотипных, что частично компенсируется увеличением скорости постройки при наличии нескольких однотипных зданий.