Emperor вышел вскоре после появления игры Dune 2000, являвшейся ремейком Dune II. Император Коррино был убит своей наложницей Эларой. Ландсраад, мир окунулся в хаос.

Космическая гильдия предложила трем Великим Домам                       (Атрейдесам,Ордосам и Харконненам), принять участие в войне асассинов на планете Арракис, за право полного владения ей, стать новым лидером Ландсраада и Императором всей известной Вселенной.

Геймплей по сравнению с предыдущими частями серии не изменился. Всё так же игроку нужно построить базу (как обычно, вокруг здания Construction Yard), добывать спайс (в других переводах — пряность) с помощью харвестеров, воевать с помощью солдат и военной техники (лёгкой и тяжёлой), при этом не забывая вовремя строить Wind Traps(ветрогенераторы), чтобы не оставить базу без электроэнергии. Интерфейс тоже мало изменился. Но появились и новые возможности, например, Атрейдесы могут проецировать изображение своего символа в воздухе, чтобы деморализовать вражескую армию.

Кроме того, игра удивила фанатов полностью трёхмерной графикой. В то же время Dune 2000 была основана на графическом движке, сходном с использовавшимся в первых Command & Conquer и обладала спрайтовой графикой.