В кампании предстоит в который раз захватить Арракис. Как и раньше доступны 3 великих дома:

Дом Атрейдес - благородный дом с планеты Каладан. Под руководством герцога Ахиллоса армия Атрейдесов ведёт борьбу за трон золотого льва. Атрейдесы отказались от штурмовиков, поставив на службу к лёгкой пехоте снайперов и пехоту "Кинжал". Арсенал Атрейдесов претерпел большие изменения. Теперь в качестве основной ударной силы выступают шагающие танки (по подобию GDI из Tiberian Sun) Мангуст и Минотавр. Особым оружием по прежнему является звуковой танк (Sonic Tank). Супер оружием дворца является удар ястреба, проекция пугающая отряды противника. Особенностью Атрейдесов является способность вводить элитную пехоту обратно в бараки, тем самым позволяя строить солдат того же типа рангом выше.
Дом Харконнен - антипод Атрейдесов, Харконнены ведут жестокую политику основанную на терроре. Родиной Харконненов является планета вулканической пустоши - Гьеди Прайм. Правитель дома барон Раккан Харконнен вступил в борьбу за Арракис и трон золотого льва. У Барона есть два сына: Копек Харконнен и Гансенг Харконнен, чья борьба за статус правителя дома отражается в кампании. На службу к пехоте Харконненов добавили огнемётную пехоту, способную в секунды спалить вражескую пехоту и нанести существенный урон лёгкой технике, так же инженеры были снабжены слабыми пистолетами для самозащиты. Арсенал Харконненов почти не изменился, добавились огнемётный танк и чернильная катапульта. Особым оружием является опустошитель второй модели (Devastator MKII), гигантский танк на трёх ногах (подобие танка маммонт из Tiberian Sun) оснащённый двумя плазменными пушками и батареей мини-ракет. Супер оружием дворца является ракета "Рука смерти" оставляющая после себя на месте взрыва пятно радиации. Интересно то, что главные действующие лица компании являются аллюзией на барона Владимира Харконнена, Фейд-Рауту Харконнена и Раббана Харконнена из первой книги Френка Герберта "Дюна".
Дом Ордос - мало известно об этом доме с ледяной планеты Сигма Драконис IV. Жители одержимы алчностью и жаждой заработать как можно больше денег, т.к. в основном на планету всё попадает путём импорта. В бой за трон золотого льва выступают вероятные правители Ордосов Экзекьютрикс - четыре существа связанные единым разумом. Свои приказы передают посредством спикера (Speek) объединённого с Экзекьютрикс. Лёгкую пехоту Ордосов заменили химической пехотой, добавились пехотинцы с мортирой и на обычную службу поступили диверсанты. Арсенал почти полностью изменился, боевой танк поставили на воздушную подушку и оснастили лазером и силовым полем, Кобра Ордосов стала самым сильным осадным оружием. Особым оружием выступает девиатор, стреляющий газом, который переводит вражеский юнит во временное владение игрока. Супер оружием дворца является молния хаоса, сводящая с ума турели и технику временно заставляя стрелять друг в друга.
В помощь Великим Домам предоставлены пять малых домов:

Сардукары
Дом Икс
Тлейлаксу
Фремены
Космическая гильдия
В режиме кампании, в зависимости от выбранной стороны, одновременно можно заключить альянс с тремя домами из доступных четырёх (дом Харконнен не может заключить альянс с Фрименами), в режиме схватки — до двух. В кампании перед захватом территории можно узнать, какой малый дом там располагается, что влияет и на брифинг. Для заключения договора необходимо два раза подряд выполнить задание малого дома. Если все требования выполнены, в разделе построек появится специфическое здание, создающее 2 уникальных юнитов. Малый дом может расторгнуть договор в случае провала задания как при подготовке его заключения, так и после; союз немедленно разрывается, если заключить союз с противоборствующим домом. Так же в кампании можно встретить контрабандистов. В зависимости от ситуации им можно помогать или наоборот противостоять, что впоследствии может обеспечить снабжение на картах или рейды на ваши базы. С контрабандистами нельзя заключить альянс.

Сардукары — некогда преданные Императору воины-фанатики. В игре представляют собой пехоту Имперские Сардукары и Элитные Имперские Сардукары. Первые оснащены шестиствольными пулемётами, эффективными против пехоты и лёгкой техники. Вторые укомплектованы лазерным оружием, стреляющим как по земле, так и по воздуху и ножом, которым они режут зазевавшихся врагов. При соприкосновении луча лазера и защитного поля происходит субатомный взрыв (эффект Хольцмана) уничтожающий оба отряда: как пехотинца, так и технику.

Дом Икс — представители самой высокоразвитой планеты вселенной. Представлены невидимым «Инфильтратором», взрывающимся при атаке и «Танком-проектором», способным создавать голограмму любого наземного юнита на поле боя, причём голограмма при этом может стрелять и наносить повреждения. При соприкосновнии с врагом или его выстрелом в неё — исчезает.

Тлейлаксу — мастера генной инженерии. В игре представлены религиозными фанатиками, полагающими, что машины — это зло. Из-за своих технологий их не любят. У них есть две уникальных единицы, Контаминаторы и Пиявки, ни одна из которых не появляется в оригинальных книгах.

Контаминаторы
«Контаминатор» — ужасно деформированный мутант, порожденный в Чанах Плоти, несущий в себе смертельный вирус, способный к превращению людей в ему подобных. Любая пехота, убитая в ближнем бою с ними, будет рождена заново как Контаминатор, находящийся под командой игрока. Контаминатор эффективен только против пехоты, его атака слаба против техники и зданий.

Пиявки
«Пиявки» являются биогенетическим резервуаром, создающим свои копии, внедряя личинки во вражеские транспортные средства. Это постоянно повреждает транспортное средство хозяина, пока цель не разрушена. Младенческая личинка может быть удалена выстрелом в транспортное средство, или при использовании инженера пехоты, для удаления хирургическим путем (Атрейдесы используют свою ремонтную машину). Пиявка чрезвычайно быстра.

Фремены — коренное население Дюны, отличные бойцы способные на равных противостоять Императорским Сардукарам. Представлены «Фременом-воином» и «Федайкеном». Оба юнита невидидимы всё время, пока не стреляют. Воин является лучшим снайпером в игре. Федайкен стреляет звуковой пушкой, так же он может оседлать песчаного червя, для этого надо выйти им на песок и «развернуть» его, через некоторое время он призовёт червя и тот будет под вашим управлением.

Космическая гильдия — для которой жизненно важно сохранить стабильность поставок Спайса. Представлены мутировавшим существом, которое испускает электрические разряды убивающие пехоту и «NIAB-танком», способным телепортироваться в любое место на карте и хорошо уничтожающим технику.