Так же, как и в версии С&С для Nintendo 64, в Дюне 2000 версии для PSX использованы 3D-модели техники и зданий (здания, кроме дворцов, и боевые танки у всех сторон используются одинаковые модели), однако, в отличие от C&C, многие эффекты ПК версии были потеряны:

• модель комбайна потеряла анимацию раскрывания перед выгрузкой пряности;
• анимация огня у переработчика при получении пряности также отсутствует;
• отсутствуют и анимации «подсветки» у заводов при производстве техники и авиации;
• анимация ремонта у ремонтного стенда отсутствует;
• анимация сигнальных огней отсутствует у космопортов;
• хранилище по-прежнему имеет индикатор хранения пряности, но в модели он не задействован;
• при ухудшении состояния здания, оно просто темнеет, но по-прежнему горит;
• сегмент бетонной плиты выглядит как в Dune II;
• при установки здания, оно просто вырастает, в ПК-версии возвышается из земли;
• в модели стройдвора имеется кран, но анимация его работы при установке здания отсутствует.

• игровое меню выполнено с небольшими изменениями в той же стилистике, что и Red Alert Retaliation для PSX.
• при постройке здания, вокруг него образуется тень, соответствующая цвету выбранного дома.
• в ПК-версии присутствует выбор сложности для компании влияющий на цены и скорость строительства, в приставочной версии выбор сложности отсутствует и всегда по умолчанию «нормальный».
• в ПК-версии в режиме «практика» можно включить до пяти компьютерных оппонентов и имеется разнообразие карт, в приставочной версии можно включить только 3 оппонента и имеется всего 22 карты в наличии, однако имеется возможность увидеть вид карты, чего нельзя сделать в ПК-версии.
• так же в режиме «практика» в ПК-версии выбор сложности работает как в режиме компании, в приставочной версии можно выбрать сложность, которая незначительно влияет на поведение компьютерных оппонентов, цены и скорость строительства не меняются и соответствуют уровню сложности «нормальный».
• модели зданий и техники имеют 2 типа раскраски: цвет дома и цвет корпуса. В режиме практики цвет дома будет всегда принадлежать выбранному дому, в то время как цвет корпуса может варьироваться.
• цвет малых домов был изменён: контрабандисты — жёлтый, фримены — коричневый, наёмники — серый, однако цвет дома жёлтый.
• в приставочной версии отсутствует уникальная внешность тяжёлого завода наёмников, для него используется общая модель.
• как и в Red Alert, в Dune 2000 можно включить сетевой режим для двух игроков посредством Link Cable.
• кампания в консольной версии немного упрощена (пример: в миссии 8 за Атрейдесов Ордосы никогда не используют диверсантов, в то время как в ПК-версии диверсант может уничтожить строительно-монтажный двор невнимательного игрока через 6-9 минут после начала миссии).
• в приставочной версии музыкальный плеер работает иначе чем в ПК-версии: музыка не привязана к дому за который играет игрок, имеется возможность включить повтор как в компании, так и в режиме практики.
• вся пехота осталась в виде спрайтов (двухмерные изображения).
• аналогично C&C на Nintendo 64, рельеф игрового поля имеет неровную поверхность. Тем не менее, эта особенность не влияет на игровой процесс.
• передвижение червя по песку можно обнаружить только по молнии или увидеть на радаре, след его передвижения не отображается на поверхности песка (в ПК-версии червь выдает себя визуально заметным шебуршением под песком).
• вся анимация невидимости отсутствует. Невидимый юнит будет просто тенью, появляется и исчезает моментально.
• Звуковой танк стреляет синей волной, подобно версии Dune II на MegaDrive. В ПК-версиях обеих игр звуковой танк стреляет прозрачной волной.
• в консольной версии присутствует дополнительная заставка, отсутствующая в ПК-версии.
• несмотря на то, что и в ПК- и в PSX-версиях в режиме практики дано всего 6 цветов, седьмой — серый цвет — в ПК-версии можно включить посредством вправления файла, в PSX-версии этот цвет доступен компьютерному оппоненту. (Примечательно что серый цвет используется чаще, в то время как коричневый и жёлтый цвета никогда не используются.)
• отсутствует видео после выбора дома, показывающее планету Арракис, преобразовывающуюся в стратегическую карту, на карте не показывают как перекрашиваются территории, закадровый голос тоже отсутствует.